Správa CHKO Šumava udělenou výjimkou zvětšila území ponechané přírodě o další pralesovité porosty a na ostatní ploše rezervace kácení oproti předchozím rokům omezila. Hnutí Duha přesto udělení výjimky kritizovalo a opakovaně upozorňovalo, že i při realizaci povolených zásahů dojde kromě přímého poškození rezervace také k ohrožení lesů v rezervaci následnými polomy. Kácení v rezervaci vede k vytvoření ploch silně proředěných porostů, které rozvrátí vítr, jako se to stalo na hřebenech centrální části Šumavy, v Národní přírodní rezervace Černé a Čertovo jezero nebo i v okolí NPR Boubínský prales a vzniknou holiny. Rezervaci takový postup podle Hnutí Duha ohrožuje mnohem více než kůrovec.

Podobně již na jaře odsoudila snahu Lesů ČR o kácení a benevolentní přístup Správy skupina předních českých vědců. Lesy ČR naopak požadovaly udělit výjimku k ještě mnohem intenzivnějšímu kácení, konkrétně o možnost vytvářet holiny větší než jeden hektar na území téměř celé národní přírodní rezervace krom území původního oploceného pralesa. Hnutí Duha dalo ministerstvu podnět k zastavení kácení. Ministerstvo podnětu Hnutí Duha nevyhovělo. 

Jaromír Bláha z Hnutí Duha řekl: „Ministerstvo životního prostředí posvětilo Lesům ČR další kácení na Boubíně. Převzalo tím spoluzodpovědnost za poškozování této národní přírodní rezervace. S posláním rezervace – ochranou pralesovitých zbytků a divoké přírody – to nemá nic společného. Nechápu tuhle snahu Lesů ČR za každou cenu boubínskou rezervaci prokácet, když nezvládají kůrovce v okolních hospodářských lesích, kam by měly nedostatečnou kapacitu těžařů soustředit.“*