Modernizace trati, kterou zahájila železniční správa, potrvá do ledna 2016. Značná část současné jednokolejky nahradí dvoukolejná přeložka. Ta vznikne mezi nádražím a zastávkou ve Veselí nad Lužnicí. Povede přes záplavové území Lužnice a Nežárky, a tak bude v tomto úseku trať uložena na tři až pět metrů vysokém náspu s novým přemostěním obou řek, včetně slepého ramene. Na přeložce vznikne několik nových inundačních mostů, které slouží jako preventivní ochrana cesty před povodněmi, pro zajištění odtokových poměrů v území. Zaniknou přejezdy, se silnicemi se bude trať křížit mimoúrovňově, násep původní trati pak bude moci město využít jako cyklostezku. Zbytek trati z veselské zastávky do Horusic povede v současné trase.

Nádraží ve Veselí nad Lužnicí patří k posledním významným železničním uzlům, kde na cestující dýchne atmosféra minulého století. To se však během dvou a půl roku změní. Vzniknou dvě ostrovní nástupiště a jedno další před nádražní budovou a cestující budou k vlaku chodit podchodem. Nádraží se tak změní k nepoznání. Zruší se úrovňový přejezd, vybudují se vnější nástupiště s podchodem se schodišti a rampami. Postaví je protihlukové stěny za  1,28 miliardy korun, které zaplatí také železniční správa.

Veselská železnice se modernizuje současně se dvěma dalšími úseky čtvrtého tranzitního železničního koridoru mezi Prahou a Českými Budějovicemi. Stavba již probíhá mezi Táborem a Sudoměřicemi u Tábora a také mezi Českými Budějovicemi a Nemanicemi.

Za necelé tři roky nádraží nepoznáme a vlak tady bude moci jezdit až 160kilometrovou rychlostí.