Povrchové vody
Průměrné roční srážky nejen v kraji byly celkově nadnormální, což vedlo k vyšším průtokům v řekách a zvýšené hladině podzemních vod. Zejména v červnu a červenci, kdy došlo k několika intenzivním bouřkám. Tyto srážky vedly k rychlému zvýšení průtoků v řekách. Podíl dlouhodobého ročního odtoku v závěrových profilech hlavních toků činil v ČR 87 – 97%, přičemž ale například 18 % červencového průměru teklo v Lužnici (profil Bechyně) v porovnání s prosincem, kdy v Sázavě na profilu Nespeky teklo 407 %.

Podzemní vody
Hladina podzemní vody v mělkém oběhu a vydatnost pramenů hodnotí jako normální. Stabilizovala se na vyšších úrovních díky nadprůměrným srážkám. V dílčím povodí Horní a Dolní Vltavy byla vydatnost mírně nadnormální. Stav hladiny podzemní vody v hlubokých vrtech však byl celkově silně podnormální.

Bilance kvality povrchové vody
Vyšší výskyt pesticidů byl zaznamenán také na menších přítocích Lužnice (Káňovský potok, Miletínský potok, Bukovský potok). Monitoring jakosti podzemních vod nebyl realizován.

Radiochemické parametry ve vodě nepřekračují normy
Radiochemické parametry ve vodě byly stanoveny v 133 profilech v místech jaderných zařízení a v úsecích toků zasažených důlními vodami z těžby nebo úpravy uranových rud. Objemová aktivita beta byla stanovena v rozpuštěných i nerozpuštěných látkách. Objemová aktivita tritia ve Vltavě pod výpustí z Temelína dosáhla 41,1 Bq·l–1, což nepřekročilo limit normy environmentální kvality dle Nařízení vlády č. 401/2015 Sb.
Ve vzorcích sedimentů odebraných na 12 profilech pro radiochemické hodnocení byly 1x ročně standardními metodami analyzovány radionuklidy 134Cs, 137Cs, 40K, 226Ra, 228Ra, 228Th, 235U, izotopy 57Co, 60Co a 241Am jsou sledovány od roku 2010 a izotop 210Pb od roku 2014. Nejvyšší aktivita izotopů 2. thoriové řady 228Th (126 Bq·kg–1) a 228Ra (102 Bq·kg–1) byla zjištěna na profilu Lužnice – Veselí nad Lužnicí.

Látky akumulující se ve vodních organismech
Bioakumulační monitoring je zaměřený na látky akumulující se ve vodních organismech, tedy rybách, rybím plůdku, bentosu. Bylo analyzováno přes 60 nebezpečných látek včetně ftalátů, polybromovaných difenyletherů a perfluorovaných sloučenin. Nejvyšší koncentrace rtuti, překračující normu environmentální kvality (20 µg·kg–1), byly zjištěny v rybách na profilu Otava – Topělec (480 µg·kg–1) a v bentosu na profilu Bečva – Troubky (24,2 µg·kg–1). Perfluorooktansulfonát (PFOS) překročil normu v 57 % případů v rybím plůdku. Výsledky ukázaly významnou kontaminaci vodních ekosystémů nebezpečnými látkami.