V letech 1968 a 1969 pobýval na studijním pobytu v Mnichově. Když jiní z republiky po okupaci vojsky Varšavské smlouvy utíkali, vrátil se domů, ale hned na začátku normalizace byl z Univerzity Karlovy propuštěn. Působil pak jako psycholog v Krajské manželské poradně v Českých Budějovicích, učil na pedagogické škole v Soběslavi. Rok 1989 ho zastihl v dětském psychodiagnostickém ústavu.

V roce 1990 se vrátil na univerzitu a vedl devět let katedru andragogiky. Poměry na Karlově univerzitě ho ale znechutily, odešel. V roce 2017 jej u příležitosti 85. narozenin Tábor vyznamenal Cenou města. Tehdy profesor Nakonečný stále ještě dojížděl vlakem vyučovat na Teologickou fakultu Jihočeské univerzity do Českých Budějovic. O dva roky později vzbudil v Táboře pozornost výstavou svých obrazů krajin, aktů a portrétů. „Vizuální umění nabízí víc než slova,“ byl přesvědčen.

K výstavě se konala i přednáška profesora Nakonečného s tématem Tři problémy současné psychologie. Nastínil tehdy otázky Má člověk duši?, Psychika a mozek a Emoce a intelekt. V závěru řekl: „Nebyl dán žádný důkaz posmrtného života, ale věda ho nemůže vyloučit.“ O duši se Milan Nakonečný domníval, že je smrtelná, říká to i bible. Podle něj zůstává určitým způsobem duch jako jakési astrální tělo.

V dubnu 2020 byl nalezen v táborském babyboxu nahý chlapeček. Zakladatel sítě babyboxů Ludvík Hess si přál, aby se jmenoval jeho někdejší vysokoškolský učitel, rádce a velký přítel Milan Nakonečný z Tábora. Chlapeček dostal jméno Milan. A stejně se jmenuje i syn profesora Nakonečného, v jehož péči ve svém táborském domově dožil.

Svůj život označil v rozhovoru pro Týdeník Táborsko za turbulentní. Střídavě byl na výsluní a v zatracení. Za své knížky o českém fašismu si vysloužil označení extremista. Sám to viděl naopak. „Současná společnost a zejména náš stát směřuje ke stále většímu extremismu ve zradě národních zájmů pro zájmy světové oligarchie, ovládající evropské státy prostřednictvím bruselského byrokratického molochu nazvaného Evropská unie, v nestíhaných korupcích, zneužívaném právu a v politickém primitivismu vůbec. Ani cenzura tu neskončila,“ řekl Milan Nakonečný ve zmíněném rozhovoru v roce 2017, který je přiložen. Jeho postřehy po osmi letech berou dech.

Milan Nakonečný měl rád nekonvenční příběhy a svým životem a prací pozoruhodný příběh napsal.