Písaři zapisovali Husinec v různých tvarech podle toho, jak slyšeli a znali latinský pravopis: Hussyncze, Hussinecz, Hussynecz, Husynetz a podobně. Prvně se dnešní tvar vyskytl v roce 1423. Původ místního jména Husinec má dva výklady vzájemně se spojující. První vychází ze staročeského pojmu husinec (ve staré němčině Gänsestall), který vznikl podobně jako další názvy související s hospodářstvím – ovčinec, hřebčinec, vepřinec nebo i zvěřinec pro předmětný objekt. Zdá se to být jasné, ale husinec je také lokalita, kde se husy shromažďují, případně divoké.

Druhý výklad dává přednost vztahu k hradu Hus (dnes zřícenina nad Blanicí). Gotický hrad byl pojmenován buď podle hory, na které byl postaven, to je hory lidově řečeno Na Husi, jež leží ve velikém lese, latinsky s trochou němčiny: moms vulgariter dictus der Gans situs in Magna Silva, nebo podle toho, že na té lokalitě se zdržovaly a nocovaly divoké husy. Poněvadž Husinec náležel hradu Hus, byl to Husinný majetek či Husinné zboží, čímž vzniiklo s přídavného jména místní jméno Husinec.

Rozpor přináší datace prvních zpráv. Jestliže by byl Husinec starší než hrad Hus a leží trochu jinde než kopec řečený Na Husi, je možné se přiklonit k tomu, že prvotně šlo o husy, které se v původní založené malé osadě chovaly, případně, ale sotva doložitelně, že se na tom nějak podílely divoké husy.

Rodák z Husince Mistr Jan Hus se nejprve psal Jan z Husince (mag. Johanns de Hussinecz), později přijal jméno Jan Hus. Jižně od Husince na cestě do Prachatic je skalka, na které podle pověsti Jan Hus odpočíval, když chodil tudy do školy. Od roku 2003 je Husinec městskou památkovou zónou včetně rodného domu Jan Husa, jeho památníku a kostela Povýšení sv. kříže.