Vesnice Lomnice, přesněji tržní osada (měla hrad), byla na město povýšena v roce 1382. Město leží v dlouhých rovinách zhruba 10 kilometrů severně od Třeboně. Badatelé uvádí, že sídlo zde bylo už v roce 1220. Spolehlivý je zápis z roku 1265 o zdejším hradu, který vlastnil Ulricus de Lomnitz (Oldřich). V roce 1367 je zapsán v latině název Lomnicze rivulus, což je volně přeloženo Lomnice potůček. V latině je rivus potok a rivulus potůček.

Název Lomnice se odvozuje od staročeského přídavného jména lomná, která znamenalo vodu lomoznou, hlučnou, popřípadě vytékající z lomů. Nebo vodu, jejíž tok byl v půdorysu lomený. To se týkalo prvotně potoku. Běžnou příponou –ice se tak nazvaly první objekty kolem oné vody.

Název Lomnice je rodu ženského a jednotného čísla, tedy ta Lomnice, ne ty Lomnice (jedeme do Lomnice, nikoli do Lomnic). Hovorově se vyskytuje tvar Lomice, to je bez n. V Lišově normálně říkají Lomice (město Lišov je 12 km jižně od Lomnice).

Je-li Lužnice od města relativně dost vzdálená, musel být na místě Lomnice jiný vodní tok či potůček, který asi v táhlé rovině nebyl nijak hlomozný a hlučný, i když rovina od Třeboně k Veselí nad Lužnicí kopíruje klesání Lužnice. Velký Tisý a další rybníky v okolí jsou „nové“. Lze usoudit, že ve 13, století vypadal zdejší vodní systém jinak.

Prvotní potok či potůček meandroval a v určitém místě byl v půdorysu lomený. Nasvědčuje tomu okolnost, že v jednom meandru byl založen hrad. Hrady se stavěly vesměs tak, aby byly chráněny vodou.