Prvně se do míst dnešní Třeboně, tehdy lokality mokrých luk – mokřadů, dostal Vítek z Prčic kolem roku 1240, který obdržel region jako výsluhu za služby královi. Zřejmě zde založil dvorec, kolem něhož se rozvíjela osada, kterou písaři zapisovali ve tvarech Witkow, Witigenow a latinsky Witigonis. Roku 1262 napsal písař „in Treboni.“ Asi byl Čech, nebo česky rozuměl, protože převažovaly názvy německé. Do roku 1341 jen německé. České jména Vítkův luh a Třeboň nezanikla.

Od roku 1366 se začala používat obě jména: Witingnaw alias Trzebonye, nebo in Trzebon alias in Witingnaw a Trzyben. Chvíli se v roce 1432 v čase po Janu Husovi používaly čárky a háčky. Český a souběžně německý název se používal dále po staletí. Ještě po 1. světové válce bylo v adresářích Třeboň – Wittingau (s dvěma t).

První výklad původu názvu se opírá o zvyklost pojmenovat sídlo podle zakladatele nebo významného usedlíka. Kromě Vítka z Prčic by to měl být muž jménem Třebon a z toho přivlastňovací tvar pro osadu – Třeboň (podobně Heřman – Heřmaň). Mohlo by se odvodit, že Vítek z Prčic nechal stavbu dvorce a osady Třebonovi.

Druhý výklad používá sloveso tříbiti, které ve staré i nové češtině znamenalo tříbit les a pečovat o něj. Na místě Vítkova luhu mohl růst nějaký porost, který se musel vytříbit. Vyloučeno to není, ale že by sousedi nazývali vznikající osadu Vítkova dvorce (snad hrádku) podle tříbení není pravděpodobné.

Původní německé jméno Witingenow, pozdější Wittingau je složeno ze dvou slov a to přeložením Vítka a příponou ouwe, což znamenalo ve staroněmčině mokrou louku, mokřiny. Ale když v roce 1262 zapsal písař „in Treboni,“ byla to odjakživa Třeboň. Jen, kdo byl Třebon, se neví.