Do čela plzeňské diecéze nastoupil v roce 2012 jako tehdy nejmladší biskup v České republice. Připomínal se ale také při událostech mimo kostel. O úmrtí Filipa Štojdla informovala Církev československá husitská. Zemřel ve čtvrtek 27. srpna. Bylo mu pouhých 50 let.

Filip Štojdl vedl plzeňskou diecézi Církve československé husitské v letech 2012 až 2023. Její působnost přitom sahá přes rozsáhlé území západních a jižních Čech. S Píseckem byl Štojdl spojený také svou duchovní službou. Jako farář působil v náboženských obcích Písek a Mirovice. Právě druhé z těchto měst sehrálo v jeho působení výraznou roli.

V roce 2015 zasáhl husitský kostel v Mirovicích ničivý požár. Stavbu ze 30. let minulého století prakticky zničil, zůstala pouze věž a obvodové zdi. Neštěstí ale vyvolalo velkou vlnu solidarity. Na záchranu svatyně se podařilo vybrat zhruba 2,5 milionu korun a kostel byl následně obnoven.

Do Mirovic se později na čas přesunulo také zázemí plzeňského biskupství kvůli opravě jeho budovy v Plzni. Štojdl tehdy poukazoval i na praktickou polohu Mirovic přibližně uprostřed rozsáhlé diecéze.