Kaple sv. Filipa Neri byla postavena v letech 1859 až 1861. Původní, velmi bohatá, dekorativní výmalba se nedochovala. Figurální výmalba klenby presbytáře zanikla zcela, na stěnách a zejména stropě lodi zůstaly pod novějšími přemalbami fragmenty původního řešení, dávající alespoň nějakou informaci o barevnosti a dalších atributech původního řešení.

„Rekonstrukce zahrnuje imitaci kvádrování na spodní části stěn, další iluzivní plastické prvky, jako třeba pilastry, vodorovné římsy, vpadliny na plochách. Na stropě presbytáře také figurální malbu sv. Filipa Nerejského klečícího před Pannou Marií s Ježíškem na nebesích. Výjev doplňují andělé a v průhledu oknem motiv prachatického kostela sv. Jakuba Většího a Dolní (Písecké) brány,“ popsal Antonín Jurčo, vedoucí odboru stavebně správního a regionálního rozvoje. „Zajímavostí je, že při jasném počasí dochází v červenci okolo 14.45 hodin vlivem odrazu slunečních paprsků k zhruba desetiminutovému nasvícení malby klenby presbytáře, které zdůrazňuje svatozář Panny Marie a sv. Filipa Nerejského,“ podotkl Antonín Jurčo.

Po obnově výmalby nechalo město do kaple doplnit interiérové vybavení,  původní se totiž nedochovalo. „Nynější oltář se dvěma lavicemi pochází z českobudějovické kaple Všech svatých země české, původně římskokatolická kaple sv. Vojtěcha, a město Prachatice je získalo roku 2019 darem od Pravoslavné církevní obce v Českých Budějovicích,“ dodal Antonín Jurčo.

Rekonstrukce vyšla na 585 tisíc korun, z čehož 50 tisíc korun uhradil Jihočeský kraj z dotačního programu Kulturní dědictví, opatření Drobná sakrální architektura. Slavnostní otevření pro veřejnost, po kterém následovala bohoslužba, se uskutečnilo v sobotu 10. září.