Koupací oblasti jsou stanoveny zákonnou normou a v Jihočeském kraji jsou dlouhodobě kontrolovány dvě koupací oblasti na Orlíku – Podolsko a Radava, tři koupací oblasti na Lipně – pláže u Lipna nad Vltavou, Černé v Pošumaví a v Horní Plané, a pravidelně se sleduje jakost vody i ve dvou vyhledávaných rekreačních rybnících Hejtman a Staňkovský rybník u Chlumu u Třeboně.

Termíny kontrol jsou stanoveny monitorovacím kalendářem, k řádným odběrům dochází jednou za dva týdny, obvykle v pondělí s vyhodnocením ve čtvrtek. V případě, že rozbory vzorků vody v dané lokalitě významně nevyhoví stanoveným ukazatelům, dochází i k mimořádným odběrem.

Vzorky jsou pro zjednodušení hodnoceny stupněm 1 – 5, jednička znamená vynikající jakost vody ke koupání, pětka naopak zákaz koupání.  „Nyní na začátku sezony vykazuje velmi dobrou jakost voda na Orlíku. U Podolska je hodnocena stupněm 2 a voda je tu vhodná ke koupání s mírně zhoršenými vlastnostmi, kdy byla překročena hodnota ukazatelů vodní květ a chlorofyl a. U autokempu Radava dostala voda jedničku,“ uvedla ředitelka Krajské hygienické stanice Jihočeského kraje Kvetoslava Kotrbová. Hodnocení stupněm jedna obdržely i rekreační rybníky Hejtman a Staňkovský u Chlumu u Třeboně.

Kvalita vody na Lipně je aktuálně dobrá. Voda u Černé v Pošumaví dostala jedničku a je vhodná ke koupání. Voda u pláže v Horní Plané byla hodnocena stupněm tři. Dle aktuálního rozboru je voda vhodná ke koupání. S ohledem na vyhodnocení mikrobiologických ukazatelů za uplynulé koupací sezony je však souhrnně hodnocena jako voda se zhoršenou jakostí, u níž je mírně zvýšená pravděpodobnost vzniku zdravotních problémů při vodní rekreaci. U některých vnímavých jedinců by se již mohly vyskytnout zdravotní obtíže, po koupání se proto doporučuje osprchovat se čistou vodou. Voda u pláže v Lipně nad Vltavou dostala dvojku.