Některé z třeboňských kaplí jsou volně přístupné po celý rok, jiné jsou pro návštěvníky běžně uzavřeny a své brány otevírají jen výjimečně.

Od 10 do 16 hodin je možné prohlédnout si Husovu kapli, která se poprvé otevřela v roce 1926, a také kapli Schwarzenberské hrobky, která byla postavena v letech 1874–1877. Tam je vstup volný pouze do kaple, v samotné hrobce se konají placené prohlídky.

V kaplích svatého Jana Nepomuckého z roku 1750, která prošla v roce 2007 rekonstrukcí, sv. Petra a Pavla, kterou nechal v roce 1646 na své náklady vystavět písař Pavel Macer, a v kapli sv. Víta z roku 1761 je pak nutné počítat s polední přestávkou od 12 do 13 hodin.

Neomezeně přístupné jsou kaple sv. Barbory v ulici Svatopluka Čecha, kaplička Korunování P. Marie u kruhové křižovatky ve směru na Prahu a kaple sv. Jana Nepomuckého na hrázi Opatovického rybníka.